Postoji pa i među proizvođačima stav kako berba maslina ujedno znači i prestanak svih poteškoća vezanih uz bolesti i štetnike na ovoj biljci. Međutim, takva tvrdnja je samo djelomično točna jer se ipak jedan dio mikroorganizama tijekom berbe može neopaženo provući do skladišta i tamo, naravno ukoliko postoje povoljni uvjeti izazvati izvjesnu štetu. Takve organizme definiramo kao uzročnike skladišnih bolesti jer se razvijaju u plodu tijekom skladištenja.
Opasne gljive
Neki od najznačajnijih i najčešćih su predstavnici rodova: Penicillium, Alternaria, Aspergilus, Fusarium, Cladosporium i sl. Njihovo prisutstvo dovodi do smanjenja peroksidnog broja te povećanog sadržaja slobodnih masnih kiselina u dobivenom ulju. Osim što negativno utječu na kvalitetu ulja ovi organizmi izlučivanjem mikotoksina u ulje ili konzervirane plodove maslina mogu izazvati ozbiljne zdravstvene posljedice na ljudima.
Djeluju neforoksično, teratogeno, genotoksično, negativno utječu na imuni sustav itd. Najčešće se ipak spominju kao uzročnici bolesti bubrega, a neki autori navode da bi ovi spojevi mogli imati i kancerogene posljedice. Aktivnost mikroorganizama koji uzrokuju truljenje plodova, a time naravno smanjuju kvalitetu ulja se pojačava ukoliko su plodovi bili prethodno zaraženi ili napadnuti od strane nekih kukaca. Isto tako mehanička oštećenja plodova nastala uslijed berbe ili nekih drugih abiotskih čimbenika dovode do pojačane mikrobne aktivnosti. Ove gljive najčešće napadaju zrele ili čak prezrele plodove uzrokujući okrugle ili udubljene pjege. Najučestaliji uzročnik truljenja plodova je Penicillium koji se često povezuje s maslinovim moljcem.
Osim toga dokazano da i maslinina muha ima neizravan utjecaj na štetnu mikrofloru plodova. Na onim područjima gdje je već uočeno oštećenje plodova sugerira se ranija berba. Premda ranija berba može značiti i gubitak izvjesne količine ulja, ono će vjerojatno biti kvalitetnije. Preporuka je plodove nakon berbe preraditi u najkraćem mogućem roku. Svako prolongiranje prerade dodatno smanjuje kvalitetu ulja. Mnogi stručnjaci smatraju kako bi prerada trebala biti svega 4 do 5 sati nakon berbe, no to je uglavnom teško izvedivo.
Na stanje i kvalitetu plodova utječu i način, odnosno tehnike berbe. Stoga nije svejedno hoćemo li plodove ubirati rukama, što je ujedno i najsporija varijanta ili ćemo to obaviti strojevima tresačima, sakupljanjem plodova sa tla, udaranjem grana, odnosno kombinacijom nekoliko različitih tehnika. U svakom slučaju treba naglasiti da ručno ubiranje znači i najmanje oštećivanje maslina.
